«Балто 3: Крила змін» – це заключна частина трилогії, дії якої розгортаються через деякий час, після подій описаних у другій частині мультфільму. Час йде, технологічний прогрес не стоїть на місці, і тому на Алясці з’являється все більше і більше літаків. Само собою, це призводить до того, що собачі упряжки втрачають актуальність, і незабаром можуть і зовсім стати не потрібні. Розуміючи всю важливість цієї проблеми, Балто разом зі своїм сином Коді вирішують спробувати повернути інтерес людей до їзди на упряжці, влаштувавши гонку між собаками і останнім словом техніки. Ніхто навіть подумати не міг, що упряжка прийде до фінішу першою. Собаки дуже зраділи перемозі, але незабаром Балто зрозумів, що з літаком, швидше за все щось сталося, і його капітану Дюку потрібна допомога. Заручившись підтримкою вірних друзів, хоробрий пес відправляється на пошуки.