Сюжет мультфільму оповідає про Балто, відважну і віддану собаку, в якій все ще тече вовча кров. У Балто з’явилися дітки. Він постарався, щоб його цуценята потрапили в хороші руки. Але одна дівчинка на ім’я Алю раптово для себе починає розуміти, що не може стати такою як її брати і сестри. Вона зрозуміла це, коли одного разу в лісі зустріла мисливця, і раптом відчула в собі пробудження дикої природи. Але хто, ж вона насправді – собака або вовк? Для того щоб розібратися в цьому, вона відправляється в довгу подорож по широких просторах крижаної Аляски, де Балто, люблячий батько, ні на крок не відійде від неї.
