Молодому агенту ФБР Дейні (Дана) Скаллі доручають нову посаду з розслідування секретних матеріалів, в напарники їй дають Фокса Малдера, який деякий час вже займається цією справою. Разом вони проходять довгий шлях, розкривають безліч незвичайних справ. У кожного з них свої погляди на походження всього незвичайного, але тільки спільними зусиллями вони знайдуть істину…